云仙天草国立公园内混合生长着落叶阔叶林与常绿阔叶林。水汽弥漫的云仙地狱附近生长着荻和赤松，原生沼的泥炭藓湿地上则点缀着日本鸢尾。每年 5 月，云仙岳会开满亮粉色的九州杜鹃，到了 6 月则会开满大花四照花。
公园吸引了各种各样的候鸟栖息于此，其中包括白腹蓝鹟、黄眉姬鹟和小杜鹃。蓝刻齿雀鲷和大型海绯鲤等亚热带鱼类经常出没于沿海的珊瑚礁中。
植物
白吊钟花
白吊钟花（学名：Enkianthus cernuus）是日本特有的落叶灌木，通常会在春末开出白色的钟形花朵。
白吊钟花是日本特有的植物
文殊兰
文殊兰（学名：Crinum asiaticum）是一种多年生植物，通常生长在温暖的沿海区域。它的高度可超过 1 米，而且会在夏季开出芳香扑鼻的大型蜘蛛状花朵。
云仙岳的景色
动物
东方宽吻海豚
东方宽吻海豚（学名：Tursiops aduncus）通常栖息在印度、东亚及澳大利亚的沿海水域。虽然外表与普通的宽吻海豚相似，但这种海豚体型更小，且腹部通常有黑色斑纹。它们通常栖息在天草群岛和岛原半岛之间的水域中。
东方宽吻海豚
白腹蓝鹟
白腹蓝鹟（学名：Cyanoptila cyanomelana）是一种迁徙鸣禽，会在每年春末至秋初现身于日本。雄鸟体色为铁青色，腹部呈白色；雌鸟体色则为灰棕色。您可以在云仙岳山顶附近发现它们的踪影。
白腹蓝鹟